현재는 대학원 산하 대학원위원회가 있고 각 대학원별로 운영위원회와 행정실이 배치되었으나 개편된 구조에서는 대학원위원회 아래 분야별로 3개의 대학원이 나뉘게 된다.
3개의 대학원은 일반대학원과 건축디자인대학원을 전문으로 하는 전문대학원, 올해부터 새롭게 개설된 임상약학대학원과 스포츠과학대학원이 포함된 특수대학원으로 나뉜다.
특수대학원장은 교학부총장이 겸직하게 되고 특수대학원의 업무를 총괄하게 된다. 특수대학원장, 경영·환경보건·행정·교육·산업·조형·스포츠과학·임상약학대학원장으로 구성된 특수대학원 운영위원회에서는 특수대학원 운영에 관한 중요 사항을 논의하게 된다.
개편된 대학원 운영구조는 아래와 같다.
◇일반대학원 : 일반대학원-행정실
◇전문대학원 : 건축디자인대학원- 행정실
◇특수대학원
▷경영·행정대학원-특수대학원행정1실 ▷환경보건·임상약학·스포츠과학대학원-특수대학원행정2실 ▷교육대학원-행정실 ▷산업대학원-행정실 ▷조형대학원-행정실
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