우리 대학교 내부 독립법인인 산학협력단의 한 직원이 등록금 감사가 시작된 8월 8일 전날인 7일 오후, 감사에 걸릴 것을 우려해 자신이 저지른 공금횡령에 관한 자술서를 제출한 것으로 밝혀졌다. 이에 본부 측은 8일 해당 직원을 검찰에 고소한 상황이다. 언론에서는 수억 원 횡령으로 보도되고 있으나 이달 말까지 감사가 진행되고 있어 관련 자료는 감사단이 가지고 있는 실정이다. 또한 현재까지는 자술서의 내용이 공개되지 않고 있으며, 현재 감사원과 검찰에서 조사 중에 있다.
이 같은 사건이 발생하게 된 배경에는 허술한 자체감사와 보직교수제의 허점이 크게 작용한 것으로 보인다. 법인에서 매년 자체감사를 실시했음에도 불구하고 수년간의 횡령사실을 파악하지 못했다는 점에서 독립법인 내의 구조적인 문제가 제기되고 있는 실정이다. 또한 보직교수들의 경우 최대 2년 이상 재임하는 경우가 드물고 회계적인 업무파악에 있어 깊이 관여할 수 없는 한계가 있다.
한편 산학협력단 직원이 횡령한 공금은 국비와 정부자금 등의 돈이므로 학생들이 낸 등록금 교비와는 상관은 없으나 일부 학생들의 경우 교비로 오해할 수도 있는 상황이다. 또한 조사 이후 정확한 피해액이 나올 경우 대책으로 산학협력단 자체에서 넣은 보험으로 피해액을 충당할 것으로 예측된다.